Au début du 12ème siècle, Creney était le siège d'une paroisse, et l'évêque Haton a donné cette église et les dîmes qui lui étaient attachées au chapitre Saint Pierre de Troyes. En 1208, le chapitre et l'évêque Hervée ont donné la paroisse à l'hôtel-Dieu Saint Nicolas, le plus ancien établissement de charité de la ville de Troyes. L'hôtel-Dieu avait droit aux dîmes sur les céréales, et sans doute à quelques terres. Rapidement, cette institution a bénéficié d'importantes donations de terres et maisons, à Creney, Belley, Mergey, et plus tard dans de nombreuses autres localités. En 1500, l'hôtel-Dieu Saint Nicolas possédait plusieurs centaines d'hectares de terres organisées en grosses fermes, ainsi que des vignes à Creney, Belley, Chablis, et 66 maisons louées, essentiellement à Troyes... Un champ planté de 62 noyers à Creney en 1381 était si remarquable que cette partie du finage porte toujours le nom : "Les noyers de l'hôtel-Dieu". (source : thèse de Julie Gesret : "Assistance et charité à Troyes au Moyen-âge, l'hôtel-Dieu Saint Nicolas", Archives départementales, 36J167)

Pendant les périodes de grande prospérité de la ville de Troyes, au 13ème siècle comme au début du 16ème siècle, l'hôtel-Dieu a su attirer la générosité des riches familles troyennes, ce qui a permis de construire une nouvelle église au 13ème siècle, puis de la reconstruire presque entièrement et de la décorer richement au 16ème siècle.

De l'église de 1208, ne subsistent que la base de la tour et, ce qui ne devait être provisoire, le porche. Au XVIème siècle, la première tranche de reconstruction a concerné le choeur et les deux travées suivantes, avec des baies flamboyantes garnies de vitraux. La tour a été coiffée d'une haute flèche aujourd'hui garnie d'essentes de châtaignier. La seconde tranche est de style renaissance, avec des baies en plein-cintre. La porte latérale sud, du milieu du XVIème siècle, montre que les travaux se sont arrêtés subitement. Un beau portail renaissance était vraisemblablement prévu pour terminer la façade ouest. L'ancien portail en retrait par rapport aux bas-côtés, avait été protégé par un auvent de bois qui a tenu jusqu'en 1847. A cette date, il a fallu démonter et reconstruire toute la façade ouest qui menaçait de s'effondrer. La mode était alors au style néo gothique. Un avant porche orné d'un dragon protège maintenant le porche roman conservé.

Seuls quelques décors végétaux sculptés agrémentent l'intérieur, si on excepte deux têtes visibles dans la chapelle des fonts baptismaux, qui pourraient symboliser le bien et le mal. Quatre petits dragons se cachent autour de l'ouverture du passage de la cloche, difficiles à repérer. Par contre beaucoup d'images peintes ornaient autrefois les murs et les piliers. Comme la restauration de 1847 prévoyait grattage et blanchiment de l'intérieur, ne subsistent plus que quelques témoins d'un collège apostolique sur les premiers piliers.